擔(dān)子菌門 （Basidiomycota R.T. Moore 1980）真菌是以食藥用菌為代表的大型真菌最主要構(gòu)成，也包括植物病原菌銹菌和黑粉菌，還有酵母菌等，其物種數(shù)占真菌界1/3，四萬余種。該類群所涉及的食用菌產(chǎn)業(yè)自2014年僅已成為農(nóng)業(yè)第五大種植業(yè)，藥用菌的活性產(chǎn)物開發(fā)前景廣闊；在自然生態(tài)系統(tǒng)中和大部分植物形成外生菌根菌，是最主要的木質(zhì)纖維素分解者。然而由于種類繁多、分類歷史悠久、大量的新類群的發(fā)表引發(fā)分類系統(tǒng)巨大變革，阻礙了相關(guān)資源的認(rèn)識進(jìn)程。      

為此，中科院微生物所趙瑞琳團(tuán)隊(duì)集結(jié)了近十年來擔(dān)子菌門分類研究的新進(jìn)展，首先在多基因及基因組層面對整個門的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系開展研究，并估算了目前擔(dān)子菌門內(nèi)亞門、綱、目、科的演化時間范圍分別為406-490 Mya，245-393 Mya，120-290 Mya，27-222 Mya，具體包括：6個基因（LSU, SSU, 5.8s, rpb1, rpb2, ef1）的多基因系統(tǒng)發(fā)育圖譜、116個代表種的396個直系同源基因的系統(tǒng)發(fā)育基因組圖譜研究；及771個代表種分子鐘分析推算了科和科以上的分類階元的演化時間（圖1）。為建立擔(dān)子菌門標(biāo)準(zhǔn)化分類系統(tǒng)中的各分類等級的演化時間標(biāo)準(zhǔn)提供了依據(jù)。

圖1. 基于六個基因的擔(dān)子菌門蘑菇亞門系統(tǒng)發(fā)育圖譜和演化時間

此外，在理清擔(dān)子菌門內(nèi)主要進(jìn)化支序的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系基礎(chǔ)上，趙瑞琳團(tuán)隊(duì)聯(lián)合27個國家，60個機(jī)構(gòu)，70位真菌學(xué)家對擔(dān)子菌門中的已知3198個屬名進(jìn)行梳理，通過3000余篇文獻(xiàn)查閱結(jié)合本研究結(jié)果認(rèn)定其中1261個異名或不合格發(fā)表名稱，1928個為合法屬名，并將這些合法屬依次歸入所屬科、目、綱和亞門。此外，還整理提供了每個合法屬的各類信息包括分類地位、物種數(shù)、模式種、生活類型、生境、分布地、DNA數(shù)據(jù)以及系統(tǒng)發(fā)育等，進(jìn)一步完善分類系統(tǒng)的各類信息。獲得目前最完整的擔(dān)子菌門分類系統(tǒng)：包括4亞門、18綱、68目、241科、1928屬，共41270個種（分別增加1亞門、2綱、14目、64科、337屬和9755種）。

以本研究成果為基礎(chǔ)，面向公眾的網(wǎng)站https://www.basidio.org 正在建設(shè)中。該網(wǎng)站將由中國科學(xué)院微生物研究所趙瑞琳團(tuán)隊(duì)主導(dǎo)，聯(lián)合國內(nèi)及法國、比利時、荷蘭、美國、匈牙利、日本的14位國際相關(guān)領(lǐng)域權(quán)威專家，持續(xù)性對擔(dān)子菌門分類系統(tǒng)進(jìn)行維護(hù)和更新，實(shí)現(xiàn)大型真菌（蘑菇）為主的這一大類真菌的分類系統(tǒng)的整體性呈現(xiàn)，不僅為分類學(xué)家，而且為資源的利用者、生態(tài)學(xué)家等提供巨大的便利。

相關(guān)成果以中國科學(xué)院微生物研究所為第一單位，聯(lián)合培養(yǎng)博士生賀茂強(qiáng)為第一作者，趙瑞琳研究員為唯一通訊作者，共70位作者，2019年11月發(fā)表于Fungal Diversity 99:105-367；https://doi.org/10.1007/s13225-019-00435-4。該研究獲得國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃（項(xiàng)目編號: 2018YFD0400200）、國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目（項(xiàng)目編號31970010，31470152）資助。